目前許多新興生物研究領(lǐng)域應(yīng)用到熒光顯微鏡，如基因原位雜交（FISH）等等。
5.相襯顯微鏡（Phasecontras tmicroscope）
在光學(xué)顯微鏡的發(fā)展過(guò)程中，相襯鏡檢術(shù)的發(fā)明成功，是近代顯微鏡技術(shù)中的重要成就。我們知道，人眼只能區(qū)分光波的波長(zhǎng)（顏色）和振幅（亮度），對(duì)于無(wú)色通明的生物標(biāo)本，當(dāng)光線通過(guò)時(shí)，波長(zhǎng)和振幅變化不大，在明場(chǎng)觀察時(shí)很難觀察到標(biāo)本。 相襯顯微鏡利用被檢物體的光程之差進(jìn)行鏡檢，也就是有效地利用光的干涉現(xiàn)象，將人眼不可分辨的相位差變?yōu)榭煞直娴恼穹�差，即使是無(wú)色透明的物質(zhì)也可成為清晰可見。這大大便利了活體細(xì)胞的觀察，因此相襯鏡檢法廣泛應(yīng)用于倒置顯微鏡中。
6.微分干涉對(duì)比顯微鏡（DifferentialinterferencecontrastDIC）
微分干涉對(duì)比鏡檢術(shù)出現(xiàn)于60年代，它不僅能觀察無(wú)色透明的物體，而且圖象呈現(xiàn)出浮雕壯的立體感，并具有相襯鏡檢術(shù)所不能達(dá)到的某些優(yōu)點(diǎn)，觀察效果更為逼真。微分干涉對(duì)比鏡檢術(shù)是利用特制的渥拉斯頓棱鏡來(lái)分解光束。分裂出來(lái)的光束的振動(dòng)方向相互垂直且強(qiáng)度相等，光束分別在距離很近的兩點(diǎn)上通過(guò)被檢物體，在相位上略有差別。由于兩光束的裂距極小，而不出現(xiàn)重影現(xiàn)象，使圖象呈現(xiàn)出立體的三維感覺。
7.倒置顯微鏡（Invertedmicroscope）
倒置顯微鏡是為了適應(yīng)生物學(xué)、醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域中的組織培養(yǎng)、細(xì)胞離體培養(yǎng)、浮游生物、環(huán)境保護(hù)、食品檢驗(yàn)等顯微觀察。
由于上述樣品特點(diǎn)的限制，被檢物體均放置在培養(yǎng)皿（或培養(yǎng)瓶）中，這樣就要求倒置顯微鏡的物鏡和聚光鏡的工作距離很長(zhǎng)，能直接對(duì)培養(yǎng)皿中的被檢物體進(jìn)行顯微觀察和研究。因此，物鏡、聚光鏡和光源的位置都顛倒過(guò)來(lái)，故稱為"倒置顯微鏡"。
由于工作距離的限制，倒置顯微鏡物鏡的最大放大率為60X。一般研究用倒置顯微鏡都配置有4X、10X、20X、及40X相差物鏡，因?yàn)榈怪蔑@微鏡多用于無(wú)色透明的活體觀察。如果用戶有特殊需要，也可以選配其它附件，用來(lái)完成微分干涉、熒光及簡(jiǎn)易偏光等觀察。 
目見倒置顯微鏡廣泛應(yīng)用于patch-clamp,transgeneICSI等領(lǐng)域。
8.數(shù)碼顯微鏡
數(shù)碼顯微鏡是以攝像頭（即電視攝像靶或電荷耦合器）作為接收元件的顯微鏡。在顯微鏡的實(shí)像面處裝入攝像頭取代人眼作為接收器，通過(guò)這種光電器件把光學(xué)圖像轉(zhuǎn)換成電信號(hào)的圖像，然后對(duì)之進(jìn)行尺寸檢測(cè)、顆粒計(jì)數(shù)等工作。這類顯微鏡可以與計(jì)算機(jī)聯(lián)用，這便于實(shí)現(xiàn)檢測(cè)和信息處理的自動(dòng)化，多應(yīng)用于需要進(jìn)行大量繁瑣檢測(cè)工作的場(chǎng)合。
目前出現(xiàn)一種便攜式數(shù)碼顯微鏡照相機(jī)，簡(jiǎn)稱數(shù)微相機(jī)。它將顯微鏡和數(shù)碼相機(jī)相結(jié)合，以同時(shí)達(dá)到顯微鏡觀察（Micro preview）和顯微攝影（Micro photography）的要求。最高物鏡顯微倍率可達(dá)150X，機(jī)身小巧，便于攜帶，自備光源，可運(yùn)用于多種場(chǎng)合�？芍苯优c計(jì)算機(jī)、打印機(jī)（不需要電腦）、電視（不需要電腦）聯(lián)用。