我國科研團(tuán)隊(duì)在同步輻射單細(xì)胞紅外顯微成像研究中獲進(jìn)展
單細(xì)胞技術(shù)因有望揭示“細(xì)胞功能異質(zhì)性機(jī)制”這一生命科學(xué)的本質(zhì)問題,從而解析各種慢性疾病(如癌癥、糖尿病和神經(jīng)退行性疾病)和衰老的分子基礎(chǔ),是當(dāng)前生物醫(yī)學(xué)的研究熱點(diǎn)和重點(diǎn)方向。單細(xì)胞技術(shù)在測序方面取得了進(jìn)展;由于該技術(shù)具有無須標(biāo)記、非侵入性、可同時(shí)展示胞內(nèi)代謝物(組)特征等優(yōu)點(diǎn),逐漸得到學(xué)界關(guān)注。近期,中國科學(xué)院上海高等研究院研究員呂軍鴻課題組先后與上海生物信息技術(shù)中心、納米技術(shù)及應(yīng)用國家工程研究中心、首都醫(yī)科大學(xué)天壇醫(yī)院、濱州醫(yī)學(xué)院、上海交通大學(xué)瑞金醫(yī)院等的科研人員合作,在單細(xì)胞紅外成像技術(shù)的數(shù)據(jù)處理方法、單細(xì)胞表型組、干細(xì)胞異質(zhì)性等研究中取得系列進(jìn)展,相關(guān)研究成果陸續(xù)發(fā)布在Chemical Communications和Analytical Chemistry上。
針對(duì)不同批次處理和測量時(shí),引入的與生物狀態(tài)不相關(guān)的系統(tǒng)性技術(shù)偏差這一單細(xì)胞技術(shù)的共性問題,研究人員從紅外光譜數(shù)據(jù)離散向量化、質(zhì)控與預(yù)處理、特征選取等環(huán)節(jié)入手,發(fā)展了一種對(duì)單細(xì)胞紅外光譜相似性進(jìn)行評(píng)判的方法,并在不同類型、不同狀態(tài)的細(xì)胞光譜分析中得到了驗(yàn)證,為分析單細(xì)胞紅外光譜數(shù)據(jù)提供了實(shí)驗(yàn)基準(zhǔn)和理論依據(jù)。相關(guān)研究成果以How many cells are enough for single-cell infrared spectroscopy為題,發(fā)表在Chemical Communications上(圖1)。 圖1.批次效應(yīng)對(duì)單細(xì)胞紅外光譜數(shù)據(jù)的影響與評(píng)價(jià)方法的建立 人類表型組是基因組之后生命科學(xué)研究的又一重點(diǎn),是聯(lián)系生物體基因型和表型的橋梁。當(dāng)前,單細(xì)胞表型分析(single cell phenotyping)得到的參數(shù)較少,不易精確反映生物樣品的全貌。研究人員利用紅外光譜,可同時(shí)靈敏地獲得細(xì)胞多種構(gòu)成成分結(jié)構(gòu)信息及其微小變化的特點(diǎn),通過統(tǒng)計(jì)分析大量單細(xì)胞光譜數(shù)據(jù),在國際首次提出單細(xì)胞紅外表型組(Single Cell Infrared Phenomics)的概念和表型分析策略;利用該技術(shù)方法,實(shí)現(xiàn)了對(duì)低濃度中藥成分作用下腫瘤細(xì)胞的反應(yīng)評(píng)價(jià),從而使作用靶點(diǎn)不明情況下的藥物篩選成為可能,也將為人類表型組研究提供全新手段。相關(guān)研究成果以Single-cell infrared phenomics: phenotypic screening with infrared microspectroscopy為題,發(fā)表在Chemical Communications上(圖2)。 圖2.單細(xì)胞紅外表型組與藥物篩選 細(xì)胞異質(zhì)性與干細(xì)胞分化、腫瘤耐藥等密切相關(guān)。當(dāng)前,分析細(xì)胞種群中異質(zhì)性的方法多采用單細(xì)胞測序技術(shù),樣品處理費(fèi)事、費(fèi)用昂貴。研究人員發(fā)展了一種基于單細(xì)胞同步輻射紅外顯微光譜和計(jì)算方法,進(jìn)行細(xì)胞異質(zhì)性定量評(píng)估的新策略。通過計(jì)算紅外光譜數(shù)據(jù)的細(xì)胞間對(duì)細(xì)胞相似距離,即可量化特定細(xì)胞種群的異質(zhì)性,方法簡單快捷,所需樣品量也較少。利用該方法,研究人員進(jìn)一步獲得了成脂分化過程中人間充質(zhì)干細(xì)胞群體的動(dòng)態(tài)異質(zhì)性變化狀態(tài)。這些發(fā)現(xiàn)為研究細(xì)胞異質(zhì)性提供了互補(bǔ)/替代方法。結(jié)合單細(xì)胞測序及其其他細(xì)胞分析技術(shù),將有助于深入解析基因異質(zhì)性與表型異質(zhì)性之間的關(guān)系。相關(guān)研究成果以Single-Cell Infrared Microspectroscopy Quantifies Dynamic Heterogeneity of Mesenchymal Stem Cells during Adipogenic Differentiation為題,發(fā)表在Analytical Chemistry上(圖3)。 圖3.單細(xì)胞紅外顯微成像揭示了干細(xì)胞成脂分化過程中的動(dòng)態(tài)異質(zhì)性 研究工作得到國家自然科學(xué)基金、上海光源顯微紅外光束線站的支持。中科院上海應(yīng)用物理研究所博士生王亞迪與上海生物信息技術(shù)中心博士戴文韜為論文的共同第一作者,呂軍鴻與上海健康醫(yī)學(xué)院研究員李雪玲為論文的共同通訊作者。合作者包括上海交通大學(xué)瑞金醫(yī)院研究員李園園團(tuán)隊(duì)、濱州醫(yī)學(xué)院教授潘效紅團(tuán)隊(duì)、首都醫(yī)科大學(xué)天壇醫(yī)院教授陳峰等。 論文鏈接: 1.https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2020/CC/D0CC00067A#!divAbstract 2.https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2020/CC/D0CC05721E#!divAbstract 3.https://dx.doi.org/10.1021/acs.analchem.0c04110 |
最新評(píng)論
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tassy 2020-12-23 01:55同步輻射單細(xì)胞紅外顯微成像研究中獲進(jìn)展
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tomryo 2020-12-23 06:49我國科研團(tuán)隊(duì)在同步輻射單細(xì)胞紅外顯微成像研究中獲進(jìn)展
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redplum 2020-12-23 07:56真?zhèn)好厲害
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likaihit 2020-12-23 07:57很有意義
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copland 2020-12-23 08:21同步輻射單細(xì)胞紅外顯微成像
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thorn12345 2020-12-23 08:26單細(xì)胞紅外顯微成像研
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czxj2003 2020-12-23 08:48單細(xì)胞紅外顯微成像研
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chorin 2020-12-23 09:04厲害了
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牛的頓 2020-12-23 09:07這是屬于紅外超分辨率顯微鏡么
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木子示羊 2020-12-23 09:09我國科研團(tuán)隊(duì)在同步輻射單細(xì)胞紅外顯微成像研究中獲進(jìn)展